Управління виконує такі функції:
1. Аналіз фінансової та податкової звітності платників податків;
2. Аналіз ризиків у частині формування плану-графіка проведення планових документальних перевірок платників податків;
3. Систематизація та моніторинг податкових наслідків економічної діяльності учасників кластерних груп;
4. Організація роботи з питань зупинення реєстрації податкових накладних/розрахунків коригування в Єдиному реєстрі податкових накладних;
5. Моніторинг фінансово-господарських операцій платників на наявність податкових ризиків;
6. Надання усних консультацій у межах компетенції;
7. Забезпечення виконання прийнятих у встановленому законом порядку рішень про застосування спеціальних економічних та інших обмежувальних заходів (санкцій) до платників податків, у тому числі як невідкладних заходів із розв'язання кризових ситуацій, що загрожують національній безпеці України.