За наявності підстав для відмови в реєстрації програмного реєстратора розрахункових операцій фіскальний сервер формує повідомлення про відмову в реєстрації ПРРО.
Відмова у реєстрації програмного реєстратора розрахункових операцій формується у випадках, якщо:
-  автоматизованою перевіркою виявлено недотримання загальних вимог щодо електронного документообігу;
-  ПРРО із зазначеним у Заяві про реєстрацію програмних реєстраторів розрахункових операцій за ф. № 1-ПРРО назвою та локальним номером вже зареєстрований;
-  щодо господарської одиниці, вказаної у Заяві, суб’єкт господарювання не повідомив про такий об’єкт оподаткування контролюючий орган;
-  суб’єкта господарювання не включено до Єдиного державного реєстру юридичних осіб, фізичних осіб – підприємців та громадських формувань;
-  виявлено розбіжності даних, вказаних у Заяві, з даними щодо обліку та реєстрації суб’єкта господарювання в контролюючих органах як платника податків.
Головне управління ДПС у Полтавській області