Сектор виконує такі основні функції:
1. Організація, забезпечення охорони державної таємниці та контроль її стану;
2. Організація та забезпечення технічного захисту інформації, контроль за його станом;
3. Організація криптографічного захисту інформації з обмеженим доступом та контроль його стану;
4. Організація, координація заходів захисту інформації в інформаційно-комунікаційних системах та контроль за його станом;
5. Організація та координація заходів забезпечення антивірусного захисту та кіберзахисту інформації в інформаційно-комунікаційних системах ГУ ДПС у Запорізькій області та контроль за їх станом;
6. Здійснення контролю за пропускним режимом.